二手GCMS的質譜系統常見的掃描模式：
1 全掃描(full scanning)
2 選擇離子檢測(SIM)
3 選擇反應檢測(SRM)（MRM）

全掃描方式：二手GCMS質量分析器在給定的時間范圍內對給定質荷比(M/Z)范圍進行無間斷地掃描，獲得樣品中的每一個組分(在某一個特定的時刻)的全部質譜。
MS全程掃描當以全程掃描方式收集數據時，確定一個質量片段目標范圍并輸入儀器。一個典型的檢測質量片段的廣度范圍可以是質荷比(m/z)50到質荷比400。掃描范圍的確定很大程度上決定于分析者預期試樣中所含的物質，同時要考慮容易和其他可能的干擾成分。MS不應設定成尋找太低質量的片段，否則，會測到空氣(發現如質荷比為28的氮氣)，二氧化碳(m/z 44)
或其他可能的干擾。另外，如果選擇一個很大的掃描范圍，由于每次掃描必需測定很寬的質量范圍，所耗費的時間長，結構每秒鐘掃描的次數減少，從
而降低儀器的靈敏度。

優點： 全程掃描對于測定試樣中的未知化合物有用。當需要證實或解析試樣中的化合物時，它比SIM能提供更多的信息。

選擇離子檢測(SIM) : 選擇離子檢測是對一個或一組特定離子進行檢測的技術。當目標化合物的質譜已知是，在操作前確認欲檢測的質量，只對其進行檢測而不記錄其他離子。只檢測一個質量的離子稱SIM，檢測多離子的選擇離子檢測稱多離子檢測MID。

優點： 把全掃描模式所得的復雜的總離子色譜圖變得非常簡單，由于僅檢測一一個或幾個離子，使檢測器接受某一離 子的時間比全掃描模式下更多，因此提高了靈敏度約100倍，同時也有更快的掃描速度。SIM經常用于定量分析。
由于SIM方式靈敏度高，因此適用于量少且不易得到的樣品分析。利用SIM方式不僅靈敏度高，而且選擇性好，在很多干擾離子存在時，利用SCAN方式得到的信號可能很小，噪音可能很大，但用SIM方式，只選擇特征離子，噪音會變得很小，信噪比大大提高。在對復雜體系中某一微量成分進行定量分析時，常常采用SIM掃描方式。由于選擇離子掃描不能得到樣品的全譜。因此，這種譜圖不能進行庫檢索，利用SIM方式進行GC MS聯用分析時，得到的色譜圖在形式上類似質量色譜圖。但可以得到任何一個質量的質量色譜圖; SIM是選擇了一定m/z的離子。掃描時選定哪個質量，就只能實際上二者有很大差別。質量色譜圖是SCAN得到的，因此有那個質量的色譜圖。

選擇離子檢測SRM：是串聯質譜的一直檢測模式，即監測一個或幾個特定的離子反應，監測幾個離子反應又稱多反應監測MRM。在選擇離子檢測中要先選定前體離子，再對其進行碰撞誘導裂解，產生產物離子，最后對選定的產物離子進行檢測。選擇反應檢測與SIM-樣能對復雜混合物最后的痕量做一份進行快速鑒別和定量分析，而且由于它監測兩組特定且直接相關的離子，故其選擇性更高，同時由于對特定離子的掃描次數增多，故其靈敏性更高。由選擇離子監測獲得的圖譜也與質量色譜圖(或總離子流色譜圖)相似，其峰面積或峰高用于目標化合物的定量分析。

(MRM:指多反應監測，其實就是多個化合物同時測定時，多個SRM一起做。那么特點就跟SRM是一樣的。有的廠家并不區分SRM和MRM，因為只要一次實驗同是做幾個SRM就是MRM方式了。)

簡單理解、選擇二手GCMS的質譜系統的掃描模式 ：

定性：一定會用Full Scan，因為想看到更多的離子。

定量：傾向于用SIM或SRM、MRM，因為想提高已知信號的強度。背景基質越復雜，SRM、MRM就越好，尤其是分辨率設得高的SRM、MRM就越好。